اهمیت این رودخانه دائمی در سال های گذشته شاهد هستیم، که نفس های قره چای به شماره افتاده و در برخی از مناطق نیز این رودخانه خشک شده است. حفر چاه های غیر مجاز در مناطق مختلف شهرستان هایی همچون شازند، خنداب و ساوه از عوامل اصلی وضعیت کنونی رودخانه قره چای علاوه بر کاهش بارندگی و خشکسالی های اخیر به شمار می رود. متأسفانه مسئولان نیز در این سال ها اقدامات مناسبی برای حفاظت از قره چای