هاشمی رفسنجانی که با تقلب توسط ستاد انتخابات جابجا شده بود، تغییراتی به وجود آمد. دستگاه قضایی در رسیدگی به تخلفات انتخاباتی این دوره، با احراز جرم معاون سیاسی وقت وزیر کشور و برخی دیگر از دست اندرکاران انتخابات، آن ها را به حبس و انفصال از خدمات دولتی و عضویت در هیات های اجرایی انتخابات محکوم کرد. حال پس از گذشت 18 سال از آن رویداد تلخ، عامل اصلی تخلفات گسترده در وزارت کشور و محکوم فتنه